Nel processo per concorso in associazione mafiosa, Scimemi fu condannato perché ritenuto «finanziatore» della locale cellula di Cosa Nostra. Secondo la difesa, invece, è stato una vittima, costretta a pagare per evitare guai.
Nell'Ottobre del 2005 Scimemi si costituì presso il carcere Pagliarelli a Palermo.
Quest'ultima vicenda giudiziaria, invece, trova conclusione a seguito della sentenza, emessa dopo la testimonianza di Pietro Bruno, amministratore giudiziario per circa venti anni dei beni allora sequestrati a Scimemi, per un valore di circa 100 miliardi delle vecchie lire. Era il 1997. La confisca è diventata definitiva lo scorso Novembre.
Il processo a Baldassare Scimemi e ai suoi familiari era stato avviato dopo che l'imprenditore aveva deciso di trasferire quote societarie ai figli. Per l'accusa era un tentativo di distrarre i beni e sottrarli fraudolentemente alla confisca. Ma proprio l'amministratore giudiziario, Bruno, ha raccontato che si trattava di "Quote di società ormai sequestrate" ha dichiarato, in aula, l'amministratore giudiziario. A quel punto, con o senza trasferimento ai figli, non sarebbe cambiato nulla per lo Stato.
«Si chiude così - ha commentato l'avvocato difensore Paolo Paladino - una parentesi giudiziaria durata circa vent'anni». Assolti anche la moglie Maria Antonia Pizzo e i figli Pietro e Marina.
Nel 1993 Baldassare Scimemi fu arrestato insieme ad altre 13 persone. Finirono in manette i dirigenti dell'allora Istituto Bancario Siciliano (poi assorbito dal Crredito Emiliano) e diversi politici di Mazara del Vallo, tutti accusati di interesse privato in atti d'ufficio, per la gestione disinvolta dei fondi statali, circa 300 miliardi di lire, assegnati al Comune di Mazara dopo il terremoto del 1981. In manette finirono Benedetto Tumbarello, Baldassare Scime ni e Vittorio Ruggeri, rispettivamente presidente, vicepresidente e direttore dell' istituto di credito. Nel 2000 arrivò l'assoluzione per prescrizione da parte della terza sezione della Corte d'Appello di Palermo.Le condanne emesse nel 1998 in primo grado furono annullate, anche se fu confermato il risarcimento dei danni nei confronti del ministero del Tesoro, costituito parte civile: oltre tre miliardi e mezzo di lire.
